Luego de numerosos reportes periodísticos, la doctora Morales, en calidad de Presidenta de la Comisión de Ambiente y Ecología, inspeccionó los Pantanos de Villa y las zonas colindantes a la fábrica de colorantes Globe Nature, a fin de comprobar el color rojizo de las aguas y sus posibles causas. Si bien en un inicio no se descartó que se tratara de un fenómeno natural, la congresista promovió la participación de un laboratorio externo e independiente (PUCP). De este último estudio se concluyó presencia de derivados de los componentes de la cochinilla. A ello sumó la declaración del equipo del ingeniero Luis Chávez (Digesa) quienes declararon que sí había indicios de colorantes en las aguas. Más adelante, el doctor César Álvarez (Inrena) informaba que su institución procedería a investigar a las empresas que operaban en los alrededores.

En agosto del 2002, la congresista Morales viajó ala ciudad de Talara a fin de constatar el derrame de 500 barriles de petróleo en la quebrada de Pariñas, originado por la ruptura de una tubería de la empresa Petrotech. La misma empresa desarrolló un plan de contingencia en los 750 metros cuadrados afectados. Lamentablemente, el trabajo resultó insuficiente para sanear el área. La Comisión de Ambiente y Ecología se pronunció a favor de una investigación exhaustiva de los hechos, solicitando informes a distintos organismos (Osinerg, Digesa, entre otros), además de hacerse público el compromiso de la parlamentaria de no quedarse en los informes sino aplicar sanciones caso haya causa justa.

El Sindicato Único de Pescadores del Puerto de Paita denunció la pesca indiscriminada de merluza en el litoral de parte de algunos grupos privados.  Al respecto, la doctora Morales propuso la conformación de una comisión investigadora que evalúe permisos, licencias, contratos y convenios otorgados por el estado a las empresas propietarias de los barcos rastreros que operan en el norte del país. Al término de la legislatura, el trabajo se detuvo, por lo que la congresista insistió vía el Ministerio de la Producción e Imarpe, elaborando un informe concluyente: la biomasa de este recurso pasó de 320 mil toneladas en 1994 a 60 mil toneladas al año 2001 (Gestión 2001 – 2002). El resultado final modificó el régimen provisional de pesca de la Merluza (Gestión 2003 -2004)

Ante las constantes quejas de los vecinos del parque Ramón Castilla en Lince, la Dra Morales, en su condición de Presidenta de la Comisión de Ambiente y Ecología, acudió al lugar para escuchar a los vecinos y comprobar el abandono en que se encontraba el citado parque. La tarea consistió en canalizar las protestas y velar para que la autoridad pertinente tomara cartas en el asunto en cumplimiento de su deber. (Gestión 2002 -2003)

La Asociación de Propietarios de la urbanización Horizonte de Zarate denunció el funcionamiento de un botadero clandestino que operaba desde algunos años en el distrito. Al no ser escuchados en sus reclamos, acudieron a la congresista quien, luego de visitar el lugar, comprobó la comercialización de basura en un terreno que es propiedad de la Municipalidad. En tal medida, se citaron a las partes y se llegó a un acuerdo en virtud del cual el alcalde canceló el botadero y determinó otros uso para el terreno. (Gestión 2002 -2003)

Pobladores y veraneantes del balneario paiteño de Yacila denunciaron a la empresa coreana Peruko por arrojar aguas residuales a la playa. A pedido de la doctora Morales, el ministro de la producción atendió a una delegación piurana y ofreció alcances del mal uso que esta empresa le daba al muelle. La congresista exigió máxima sanción a esta empresa, tal como estipula el Reglamento del Procedimiento Sancionador de las Infracciones de las Actividades Pesqueras. Se hicieron movilizaciones hasta que el Ministerio de la Producción informara el fin de la actividad y una sanción de 5.4 UIT para la empresa infractora (Gestión 2003-2004)

Las denuncias por contaminación de las aguas del río Chira interesó la congresista Morales Castillo, solicitando los informes del caso. Al respecto, el Ministerio de Salud señaló que por los estudios realizados, la contaminación del Río Chira, es producto del uso de químicos en las actividades agrícolas de las zonas aledañas, y de las descargas de aguas residuales de las ciudades ribereñas. El representante de DIGESA acudió a la Comisión de Pueblos Amazónicos, Afroperuanos, Ambiente y Ecología, también a pedido de la Congresista.  Informó que según estudios realizados entre agosto y diciembre del 2005, en todas las estaciones se encontraron concentraciones de cadmio, cobre, plomo y zinc, menores a los valores establecidos en la Ley General de Aguas (LGA) Clase II y III. Estos estudios son previos a cualquier medida correctiva impulsada desde la autoridad pertinente, así como la sanción que considere a los responsables (Gestión 2004-2006)